Jama’ah Shalahuddin memiliki beberapa perangkat bidang yang terdiri dari Departemen, Tim, dan Badan Semi Otonom (BSO) untuk menjalankan visi dan misinya, yaitu antara lain:
a. Biro Khusus Kaderisasi : biro khusus yang melaksanakan alur kaderisasi formal Jama’ah Shalahuddin dan membantu Ketua Jama’ah Shalahuddin dan Sekretaris Jenderal dalam hal pembinaan,pendataan,pemetaan , dan pengkaryaan kader serta penjagaan kader.
b. Biro Administrasi: mengampu fungsi kerumah tanggaan, kesekretariatan dan perpustakaan JS.
c. Shariah Enterprenuership: mengampu fungsi pendanaan untuk kemandirian finansial lembaga dan mewacanakan system ekonomi dan kewiraushaan Islam.
d. Direktorat Dakwah Nasional: mengampu fungsi isu dunia Islam (palestina, dll) dan jaringan nasional se-indonesia. Untuk menjadi staff Dirnas, harus mengikuti alur tertentu dan memenuhi syarat yang ditentukan oleh Tim Dirnas.
e. Departemen Syiar: mengampu fungsi syiar dan pembinaan keislaman
f. Departemen Sosial Kemasyarakatan: mengampu fungsi pelayanan sosial kemasyarakatan dan tim siaga bencana
g. Tim Kemuslimahan: mengampu fungsi syiar, pembinaan, jaringan dan media khusus muslimah.
h. Departemen Kajian Strategis: mengampu fungsi pengkajian isu strategis dan penelitian pengembangan (LitBang)
i. Tim Media Centre: mengampu fungsi media (website, bulletin, majalah, dll)
j. Departemen Ekstern: mengampu fungsi jaringan yang bersifat lokal, seperi alumni JS (KAJASHA), gerakan ekstra kampus, ukm-ukm, LP NGO, dll.